Dirección: CCalle 22 Av Zamná S/N, por 63 A Fracc. Yucalpetén, Mérida, Yucatán, México

Este departamento tiene como objeto cumplir y hacer cumplir, las políticas, normas, sistemas y procedimientos para la óptima administración del personal docente y administrativo del Subsistema, además de los recursos materiales con los que cuenta.
Dirige y ayuda a resolver los asuntos de todo el personal de la Educación Indígena en lo que respecta al buen desempeño de sus funciones, basados en la normatividad de las leyes laborales vigentes.
Además, supervisa y autoriza los movimientos geográficos del personal, cuidando el debido apego la normatividad y disposiciones administrativas pertinentes.
Aunado a ello, controla el registro de asistencias del personal comisionado y administrativo que labora en las oficinas de la Dirección.
Para su funcionamiento este Departamento se divide de la siguiente manera:

Subjefatura de Trámite y Control
Procesa, valida y da curso a los diversos trámites administrativos de todos los docentes de todos los niveles de la Dirección, además supervisa la correcta aplicación de los movimientos del personal docente perteneciente a Educación Indígena. Así como la elaboración de licencias y comisiones vigilando siempre, su apego a la normatividad.

Área de Cómputo
Organiza, controla y coordina el funcionamiento técnico y administrativo de los equipos de cómputo de la Dirección.
Administra y procesa toda la información estadística que se genera con los alumnos, los maestros y las escuelas de todos los niveles educativos del Subsistema.